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LUMING洛铭BIOMEDICAL DATA SCIENCE CONSULTING

SERVICE 02

单细胞与多组学整合

scRNA-seq、bulk RNA-seq、WES、ctDNA 整合分析,聚焦肿瘤微环境。交付细胞注释、亚群图谱与质控报告。

您什么时候需要这项服务

  • 想知道药物在肿瘤微环境中主要作用于哪一群细胞。
  • bulk RNA-seq 结果模棱两可:整块组织测序取的是平均值,少数细胞群的信号容易被稀释。
  • 手上同时有基因组、转录组或血液样本数据,需要放在一起解读。
  • 数据已经测完,内部团队的排期排不过来。

METHODS

我们做什么

数据类型

  • scRNA-seq(单细胞 RNA 测序):逐个细胞读取表达谱,而不是计算整体平均。
  • bulk RNA-seq(常规转录组测序)。
  • WES(全外显子测序)。
  • ctDNA(循环肿瘤 DNA):血液中来自肿瘤的 DNA 片段,抽血即可追踪。

整合分析

把基因组、转录组、蛋白组数据放在同一个框架里分析,重点是肿瘤微环境:哪些细胞在场、各自表达什么、治疗前后如何变化。

质控优先

单细胞数据最容易在质控环节出问题,所以质控报告是每个项目的固定交付物。我们先确认数据可用,再进入注释与下游分析。

单细胞 UMAP

T 细胞、NK 细胞、B 细胞、髓系、成纤维、内皮与两群恶性细胞共八个亚群。

示意图:单细胞 UMAP 散点图,上万个细胞分为 T 细胞、NK 细胞、B 细胞、髓系细胞、成纤维细胞、内皮细胞与两群恶性细胞共八个亚群。非真实数据。
ILLUSTRATIVE · 分析产出示意,非真实客户数据

DELIVERABLES

交付物

  • 细胞注释与亚群图谱
  • 样本层级结果表
  • 质控报告

QUESTIONS WE HEAR

研发团队常问的问题

“我们的药在肿瘤微环境里,主要作用于哪一群细胞?”

“bulk RNA-seq 显示组间差异不明显,是真的没有差异,还是信号被其他细胞稀释了?”

“治疗过程中的 ctDNA 变化,能不能和影像学评估放在一起比较?”

从一个问题开始

告诉我们您手上的数据类型和想回答的问题,我们在免费 30 分钟初步咨询里判断这批数据能回答什么。