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LUMING洛铭BIOMEDICAL DATA SCIENCE CONSULTING

CORE CAPABILITIES

服务

四条服务线:公共数据库靶点与适应症探索、单细胞与多组学整合、统计分析与预测建模、临床前与转化研究支持。

CORE CAPABILITIES

四条服务线,对应研发的四类问题

洛铭的服务按研发问题划分,而不是按技术划分。同一个项目常会用到两条以上的服务线:例如先用公开数据筛选靶点和适应症,再用单细胞数据确认表达定位,最后做统计建模支持立项。

四条服务线共用同一套工作方式:可复现的分析流程、每个数字可回溯来源、代码随报告交付。

01

公共数据库挖掘与靶点 / 适应症探索

  • 适用:候选靶点排序、适应症选择、立项或授权谈判前的靶点证据准备、GWAS 非编码信号的靶基因定位。
  • 方法与数据:TCGA · ICGC · GEO · CCLE;pan-cancer 表达特异性、通路、signature 与免疫浸润;Hi-C / HiChIP 3D 基因组。
  • 交付:靶点 / 适应症证据包、发表级图表、可复现脚本。

靶点表达:肿瘤 vs 正常组织

12 个 TCGA 癌种中某靶点在肿瘤与正常组织的表达。

示意图:12 个 TCGA 癌种(BRCA、LUAD、LIHC、COAD、PAAD、KIRC、STAD、HNSC、OV、PRAD、SKCM、GBM)中某靶点在肿瘤与正常组织的表达箱型图,多数癌种肿瘤组织表达较高。非真实数据。
ILLUSTRATIVE · 分析产出示意,非真实客户数据

02

单细胞与多组学整合

  • 适用:想知道药物作用于哪一群细胞;bulk 数据结果模棱两可;需要把基因组、转录组、蛋白组放在一起看肿瘤微环境。
  • 方法与数据:scRNA-seq · bulk RNA-seq · WES · ctDNA;基因组 / 转录组 / 蛋白组与肿瘤微环境。
  • 交付:细胞注释与亚群图谱、样本层级结果表、质控报告。

单细胞 UMAP

T 细胞、NK 细胞、B 细胞、髓系、成纤维、内皮与两群恶性细胞共八个亚群。

示意图:单细胞 UMAP 散点图,上万个细胞分为 T 细胞、NK 细胞、B 细胞、髓系细胞、成纤维细胞、内皮细胞与两群恶性细胞共八个亚群。非真实数据。
ILLUSTRATIVE · 分析产出示意,非真实客户数据

03

统计分析与预测建模

  • 适用:撰写统计分析计划;把临床与分子变量做成可用的风险分层工具;审稿人要求补充外部验证。
  • 方法:生存分析 · Logistic · GEE · GLM / Lasso;Random Forest、SVM 等机器学习方法;交叉验证与外部验证。
  • 交付:统计分析计划、模型代码与验证、Nomogram / 风险分层工具。

多因素生存分析森林图

年龄、分期、突变与 PS 评分的风险比及 95% 置信区间。

示意图:多因素生存分析森林图,列出年龄、分期、突变与 PS 评分的风险比及 95% 置信区间,参考线为 HR = 1。数值为示意。
ILLUSTRATIVE · 分析产出示意,非真实客户数据

04

临床前与转化研究支持

  • 适用:实验开始前需要确定方案与样本量;体内外结果需要解读;生物标志物与抗体药物策略;稿件准备。
  • 范围:生物标志物、临床样本数据、抗体药物策略;in vivo / in vitro 设计与解读。
  • 交付:靶点评估报告、实验方案与样本量、论文与稿件支持。

表达热图与生存曲线

样本按风险分组;Kaplan–Meier 曲线附 log-rank p 值。

示意图:左侧为 24 个基因在 60 个样本中的表达热图,样本按风险分组;右侧为高、低风险两组的 Kaplan–Meier 生存曲线,高风险组生存较差,log-rank p 值标于图中。非真实数据。
ILLUSTRATIVE · 分析产出示意,非真实客户数据

PRODUCT · EVIDENCE PACK

固定范围的产品:靶点·适应症证据包

如果您的问题是“这个靶点该往哪个适应症做”,可以直接从证据包开始:固定版式、基于公开数据、试点从 3 个靶点起,不需要您提供内部数据。

证据包固定版式

三张报告页缩图:表达、单细胞、生存;每份 8–12 页。

示意图:靶点·适应症证据包的固定版式,三张报告页面缩图分别含表达箱型图、单细胞图与生存曲线,每份 8–12 页。
ILLUSTRATIVE · 分析产出示意,非真实客户数据

不确定从哪条开始

您手上可能只有一个研发问题,还没想好需要哪项服务。免费 30 分钟初步咨询的目的,就是把问题对应到具体的分析方案,并判断现有数据能否回答它。